A fost ucis în timp ce ieșea din catedrala din Quito, împușcat de o grupare masonică. Ultimele sale cuvinte au fost „Dumnezeu nu
moare niciodată!”
În buzunarul
hainei sale i s-au găsit o carte de rugăciuni şi cartea Imitaţiunea lui Cristos. Pe ultima pagină a cărţii de rugăciuni era
următoarea notă, scrisă cu mâna proprie: „Mă angajez să particip în fiecare zi
la Sfânta liturghie”.
La moartea
sa, Papa Pius al IX-lea a declarat: „a murit o victimă a credinţei şi a
carităţii creștine”.